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UE S9-3 : Bio-Informatique

Responsables : Sylvaine Renault et Thomas Dugé de Bernonville 

  

Mail : renault@univ-tours.fr / thomas.duge@univ-tours.fr

Prérequis : Connaissances approfondies de Biologie moléculaire et cellulaire

Objectifs pédagogiques : Cette UE offre un perfectionnement dans les approches basées sur l’analyse informatique de séquences nucléiques et protéiques pour répondre à des problématiques biologiques. Une emphase particulière est mise sur les nouvelles technologies de séquençage. L’UE focalisera sur la manière de traiter ces données parfois très volumineuses de manière informatique.

Compétences acquises : Manipulation informatique de séquences : recherche d’homologies, alignement, phylogénie - Connaissance des technologies de séquençage : applications et traitements - Utilisation de la plateforme Galaxy pour le traitement des données de séquençage - Introduction à la modélisation structurale des protéines.

 

Programme – Contenu de l’UE

Cours : Chapitre 1. NextGenerationSequencing. Présentation des principales méthodes de séquençage 2e et 3e génération et leurs applications - Chapitre 2. ADN environnemental. Introduction aux analyses métagénomiques - Chapitre 3. Docking. Modélisation des interactions protéines-substrat - Chapitre 4. Epitopes.

 

TP : Les TP seront réalisés en salle informatique.TP1. Outils de base en bioinformatique. Reprendre la présentation des bases de données et des programmes classiquement utilisés pour l’analyse des séquences protéiques et nucléiques - TP2. Familles de gènes et phylogénie. Analyse multiple de séquences, recherche de domaines conservés et classification par homologie - TP3. NGS et interactions génotypes x phénotypes. Détection de SNP par séquençage de génomes et prédiction de phénotype - TP4. Applications transcriptomiques. Traitement de données RNA-seq, clustering d’expression de gènes - TP5. NGS et épigénétique. Traitement de données Chip-Seq pour l’analyse des modifications épigénétiques.

Coefficient 2 • 2 ECTS • CM : 8h • TP : 17h • Volume horaire total : 25h

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